대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사(麻谷寺)의 말사이다. 651년(진덕여왕 5)에 자장(慈藏)이 창건하였으며, 신라의 마지막 왕인 경순왕이 충청북도 영동군에 있는 영국사(寧國寺)에서 수학할 때 이 절에도 가끔 들러 유숙하였는데, 주위의 경관과 어울려 몸과 마음이 아울러 편안하다고 하여 신안사라 하였다.
그 밖에도 583년(진평왕 5) 창건설과, 조구(祖丘)가 헌강왕(875∼885) 때 창건하였다는 설도 있다. 『신증동국여지승람』과 『가람고』에 각각 현존 사찰로 기록되어 있어 그 무렵에도 존속되어 있었음을 알 수 있으며, 일제강점기에는 보석사의 말사가 되었다. 한국전쟁으로 퇴락되었으나 곧이어 중건되었다.
이 절의 당우로는 대웅전 · 극락전 · 진향각(眞香閣) · 요묵당(寥默堂) 등의 호화롭고 장엄한 건물이 즐비하였으나, 오랜 세월에 병화로 소실되어 지금은 1985년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 신안사 극락전과 1973년 충청남도 유형문화재로 지정된 신안사 대광전 · 요사채가 남아 그 명맥을 유지하고 있다. 불상 또한 원래는 10여기가 봉안되어 있었으나 병화로 소실되었을 때 태고사(太古寺) 등으로 옮겨 봉안하였으므로 현재는 5기뿐이지만, 그 단정하고 우아한 모습은 조선시대 불상의 걸작품으로 꼽히고 있다. 전성기에는 3,000명의 승려가 수학하였다고 하며, 불경과 불기(佛器) 등 여러 가지 비품이 많았으나 6·25 때 모두 소실되었다. 절 앞에 있는 연못과 폭포, 20리에 뻗친 계곡은 경승지로도 유명하다.