대한불교조계종 제15교구 본사인 통도사(通度寺)의 말사이다. 635년(선덕여왕 4) 명랑조사(明朗祖師)가 건흥사(建興寺)로 창건하였고, 678년(문무왕 18)에 만리성을 쌓을 때 승병 100여 명이 이곳에서 숙영(宿營) 하였다.
그 뒤 임진왜란 때 이 절의 지운이 의승병을 모아서 함월산 기박산성에 주둔하던 의병들에게 군량미를 지원하였다. 당시 왜병의 방화로 사찰이 전소되었다가 1646년(인조 24)에 경상좌도 병마절도사 이급(李伋)이 발기인이 되어 승려 혜종(慧宗)으로 하여금 시주를 받게 하고 신흥사로 중창하게 하였다.
1686년(숙종 12) 화재로 소실되었으나 곧 개축하였고, 청풍당 · 극락전을 옮겨 짓고 햐로전 · 남상실을 지었다. 1752년(영조 28)에는 통도사의 서봉이 중창하였으며, 1976년에 중수하였다. 1992년에는 적묵당 · 누각을 중건하여 오늘에 이른다. 산내암자로 낙서암과 염불암이 있다. 현존하는 당우로는 1998년 울산광역시 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정된 대웅전을 중심으로 칠성각 · 산령각 · 요사채 등이 있다.