삼종선은 의리선(義理禪)·조사선(祖師禪)·여래선(如來禪)으로 불경에서 밝힌 여래선과 선종에서 밝힌 여래선에는 차이가 있다. 『능가경(楞伽經)』에서는 선을 4종으로 분류한 가운데 여래선이 포함되어 있는데, 이 때의 여래선은 부처의 경지에 머물면서 중생을 위하여 불사의(不思議)한 일을 하는 것을 의미한다. 그리고 선종 가운데서도 하택(荷澤) 계통에서는 “자성의 공적(空寂)을 보아 무념(無念)이 되면 곧 일념(一念)이고 일념이 곧 일체지(一切智)이며 반야바라밀(般若波羅蜜)이니, 그것이 곧 여래선”이라고 하였다.
그러나 우리나라 선종의 주류를 형성한 임제종(臨濟宗) 계통에서는 말의 자취와 생각의 길이 함께 끊어져서 이치나 일에 걸림이 없는 것을 조사선이라 정의하고, 이 조사선 우위의 설에 따라 여래선을 생각과 알음알이가 아주 끊어지지 않아서 말의 자취가 있고 이치의 길이 남아 있는 것이라고 정의하였다. 그리고 우리나라에서는 선종의 5파 가운데 임제종과 운문종(雲門宗)만이 조사선을 주창하고, 조동종(曹洞宗)·위앙종(潙仰宗)·법안종(法眼宗)은 여래선 계통이라고 하여 중요시하지 않는 경우가 많았다.