대한불교조계종 제12교구 본사인 해인사(海印寺)의 말사이다.
876년(헌강왕 2) 심광대사(深光大師)가 창건하였는데, 심광대사는 신라 구산선문(九山禪門) 중 선주산문(聖住山門)의 개산조인 무염(無染, 801∼888)의 제자로 신라 최치원(崔致遠)이 지은 「성주사낭혜화상백월보광탑비(聖住寺朗慧和尙白月葆光塔碑)」에는 ‘心光(심광)’이라고 되어 있다.
창건 뒤의 역사는 거의 전래되지 않고 있다. 다만, 1770년(영조 46)에 상언(尙彦)이 『화엄경』 판목(板木)을 새겨서 이 절에 장경각(藏經閣)을 짓고 봉안하였다. 또한, 상언은 이 절에 머물면서 절을 옮기지 않으면 수재(水災)에 의하여 무너지게 되리라고 예언하였는데, 얼마 뒤 홍수가 나서 절이 무너졌다고 한다.
1907년 화재로 소실된 것을 강용월(姜龍月)이 중창하였고, 한때 많은 불제자들의 수행처로 이용되었다. 6·25 때 다시 소실되면서 법당 내에 보존되어오던 화엄경판까지 소실되었다. 그 뒤 1959년에 국고보조를 얻어 해운이 법당을 중건하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 비로자나불을 주불로 모신 화엄전(華嚴殿)과 산신각·요사채 등이 있다.