대한불교조계종 제2교구 본사인 용주사(龍珠寺)의 말사이다. 1273년(원종 14) 서원대사(誓願大師)가 창건하였고, 그 뒤 돌보는 사람이 없어 폐사가 되었다가 1722년(경종 2)동래정씨·남양홍씨·전주이씨·재령이씨 등의 문중이 모여 선조들의 명복을 빌기 위하여 중창하고 옥지암(玉芝庵)이라 하였다.
1780년(정조 4) 궤성(軌聖) 등이 불전을 중창하고 현재의 이름으로 고쳐 부르게 되었다. 그 뒤 1821년(순조 21) 덕인(德仁)이 중수하였다. 당우로는 대웅전과 요사채 1동, 산신각, 법회실 등이 있다. 대웅전은 1944년에 주지 석진(碩眞)이 신축하였고 요사채는 1973년에 주지 동월(東月)이 신도회의 성금을 모아 신축하였다. 옥수암이라는 명칭은 절 뒤에 있는 바위에서 흘러나오는 샘물이 옥과 같이 맑다고 하여 붙여졌는데, 이 샘물은 약수로 유명하다.
또, 절을 지을 때 처음에는 다른 곳에 터를 잡았으나 그 곳에서 진드기가 수없이 쏟아져 나와 다른 장소를 물색하던 중, 하루는 큰 대들보 하나가 사라져서 찾아보니 지금의 절터로 와 있었으므로 부처님의 뜻이라 하여 절을 지었다는 전설이 전해오고 있다.