대한불교조계종 제7교구 본사인 수덕사(修德寺)의 말사이다. 정확한 창건연대는 알 수 없으나 현존하는 유물로 볼 때 백제 말기에 창건된 사찰로 추정하고 있다. 또한 용봉사에 1690년(숙종 16)에 조성한 괘불이 있는 것으로 보아 그 무렵 사찰이 존속하였음을 알 수 있다. 용봉사 영산회 괘불탱은 영산회상도로서 제작년도가 분명하고 기법도 뛰어나 1997년 보물로 지정되었다. 현사찰 서편의 조금 높은 곳에 있던 옛 절이 명당임을 안 평양조씨(平壤趙氏)가 절을 폐허화시키고 그 자리에 묘를 썼으며, 현존하는 사찰은 1906년에 새로 세운 것이다. 18세기 후반 무렵 폐사되었으나 1980년 무렵에 중창되었고, 1982년에는 대웅전을 새로 지었다.
1988년에는 축대를 완성하고, 그 뒤 극락전 · 산신각 등을 지어 오늘에 이른다.
옛터에는 1963년 보물로 지정된 홍성 신경리 마애여래입상과 절 입구에는 통일신라시대의 작품으로 추정되는 또 다른 용봉사 마애불이 1985년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되는 등 많은 문화유산들이 남아 있다. 옛 절터에는 1984년 충청남도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정된 장방형 석조와 절구, 거대한 맷돌이 있으며, 1984년 충청남도 문화재자료로 지정된 부도 등이 있다.
보물로 지정된 마애불 주위에는 백제 때의 기와조각이 산재해 있다. 이밖에도 이 절에서 가져갔다는 유물들이 홍성 읍내의 건양각(乾陽閣)과 홍성여자고등학교 정원에 있다. 건양각에는 고려시대 작품으로 추정되는 좌불이 있는데, 일본인들이 옮겨온 것으로 상체에 걸친 법의의 주름이 특이하다. 처음 옮겨올 때 용문(龍紋)을 조각한 대석(臺石)이 있었으나 다리 공사를 할 때 사용하였다고 한다. 또, 홍성여자고등학교 정원에는 3층 석탑 1기가 있는데, 옥개석의 일부가 파손되었으나 고려시대의 작품으로 추정되는 아담한 작품이다. 이들 유물로 보아 조선 후기까지 이 절이 수덕사 못지않은 대찰이었다는 구전(口傳)을 믿을만하다. 이 절에서 용봉산을 넘으면 높이 7m의 미륵암 미륵불이 있다.