본래 신라의 모산성(母山城, 또는 阿英城 · 阿莫城)이었는데, 757년(경덕왕 16)에 운봉(雲峰)으로 고쳐 강주 도독부(康州都督府) 관내 천령군(天嶺郡, 지금의 함양군)의 영현으로 삼았다.
고려시대에는 남원부의 임내였고 1391년(공양왕 3)에 감무관을 두었으며, 아용곡부곡(阿容谷部曲)과 마천소(馬川所)가 임내로 편입되었다. 조선시대에는 전라도 남원 진관(鎭管)에 속하였고, 1600년(선조 33) 임진왜란으로 인하여 인구가 격감되자 수령을 폐지하고 남원도호부의 임내로 편입하였다가 1611년(광해군 3)에 복구시켰다.
1709년(숙종 35) 전라도 좌영(左營)이 남원에서 이설되어 현감이 영장(營將)을 겸하였다. 1895년(고종 32)에 군(郡)이 되어 남원부에 속하였다가 이듬해 전라북도로 편입되었고, 1914년 행정구역 개편 때 남원군에 병합되었다. 1995년에는 남원시와 남원군이 통합되어 남원시가 되었다.
운봉이라는 지명은 소백산맥의 동쪽 사면에 위치한 이곳에서 구름에 가려진 지리산의 많은 봉우리를 보게 된 데서 생긴 것이다. 당시에는 인월역(引月驛)이 있어 함양과 연결되었고, 남원 · 구례 · 곡성 등지와 이어지는 도로가 발달하였다.
조선시대에는 이곳에서 풍천(楓川)의 계곡을 따라 올라가면 황령동(黃嶺洞) · 만수동(萬水洞)을 거쳐 지리산의 반야봉(般若峯)에 오를 수 있었다. 이 지역은 역사적으로 전라도와 경상도의 경계에 있어서 백제 · 신라 간에 많은 전투가 있었다.
1256년(고종 43)에는 몽고가 침입하였고, 1380년(우왕 6)과 1597년(선조 30)에는 왜적이 경상도로부터 이곳을 거쳐 전라도 각지를 침략하였다.