대한불교조계종 제17교구 본사인 금산사(金山寺)의 말사이다. 청량산은 원등산이라고도 한다. 신라 때 보조선사(普照禪師)가 창건한 뒤 신라 말에 중창하였으며, 고려에서는 혜심(慧諶, 1178∼1234)이 원등사를 찾아 읊은「원등난야(遠燈蘭若)」라는 시가 『무의자시집(無衣子詩集)』에 수록되어 있어 적어도 12∼13세기에 존속하고 있었음을 알 수 있다.
조선 선조 때 진묵대사(震默大師)가 3창하고 오백나한을 봉안하고 원등사라 하였다. 그러나 임진왜란 때 소실되어 명맥만 유지되어 오다가 6·25전쟁 때 완전히 소실되었다. 1985년 이순남(수련 보살)이 사찰을 중창하였으며, 1995년부터 석굴법당(약사전), 요사채, 명부전 등을 신축하였다. 이후 2001년 나한전을 신축하였고, 2006년 석굴법당(약사전)에 약사여래상을 봉안하였으며, 2012년 대웅전(대웅보전)을 신축하였다.
현존하는 당우로는 석굴법당인 약사전을 비롯해서 대웅전(대웅보전) · 나한전 · 명부전 · 요사채 등이 있다. 전성기에는 이 절에 승려 400여 명이 기거하였다고 하는데, 현재 남아 있는 주춧돌 등으로 보아 옛 사찰의 규모를 알 수 있다.