1894년(고종 31) 7월 12일 종전의 의금부를 개칭하여 법무아문에 소속하게 하였다. 관리들의 사적인 범죄는 법무아문에서 취급하였다.
직제는 판사(判事 : 장관으로 법무대신이 겸임)·지사(知事) 또는 동지(同知 : 副官으로 법무아문협판이 겸임)·참의(參議 : 총무국장이 겸임) 각 1인, 주사 4인으로 되어 있었다. 1894년 12월 16일 지방재판을 제외한 법무아문 일체의 재판을 의금사에서 취급하도록 개정되었고 명칭도 법무아문권설재판소(法務衙門權設裁判所)로 바뀌었다.