호남지방의 향토문화연구를 통해 민족문화 증진에 기여하기 위하여 1963년 7월에 설립하였으며, 초대소장은 이을호(李乙浩)이다. 설립 당시에는 전남대학교 박물관 부속이었으나 1982년 11월 전남대학교 부설이 되었으며, 그 동안 학술지의 발간과 학술조사 등 각종 연구활동을 전개하여 왔다.
1998년 현재 소장 및 4명의 운영부장, 1명의 간사로 구성되어 있고, 정기간행물과 단행본 5,000여권의 도서를 확보하고 있다. 주요사업으로는 연구용역의 수행, 학술집담회(學術集談會)와 학술지 발간 등을 계속하고 있는데, 1998년 3월 현재 호남문화대강연회를 가졌으며, 종합학술조사연구, 발굴조사연구, 전라남도지역 누정조사연구 등의 연구과제를 수행하였다. 1964년 이후 연간으로 ≪호남문화연구≫를 간행, 1997년 현재 25집이 발간되었으며, 그밖에 다수의 총서를 간행하였다.
국내의 각 대학 부설연구소 및 지역연구소, 그리고 일본의 국제기독교대학 사회과학연구소, 와세다대학(早稻田大學) 사학회 등의 연구소, 대만의 대만대학 대학원 고고인류학회 및 캐나다의 토론토대학, 홍콩의 아시아잡지회 등과 자료교환을 하였으며, 최근에는 일본의 오키나와대학과 자료교환을 하고 있다.