일명 주남고(朱南皐). 경상남도 거창 출신. 어려서 한학을 수학하였고 1909년 친구인 오형선(吳亨善)·조재룡(曺在龍)과 함께 기독교인이 되어 거창읍교회를 설립하였다.
1919년진주 경남성경학원을 졸업한 뒤 거창읍교회 교인들을 중심으로 같은 해 3월 20일 만세시위를 벌였다. 1919년 12월 거창읍교회 장로로 장립되었고 경남노회의 추천으로 1920년 평양장로회신학교에 입학하였다.
그러나 거창 N지방 독립운동 사실이 발각되어 옥고를 치른 뒤, 즉시 신학교에 진학하지 못한 까닭에 1930년 3월에야 졸업하게 되었다. 그 해에 경남노회에서 목사 안수를 받아 거창읍교회 목사로 부임하여 이후 평생을 거창읍교회에서 목회하였다.
1938년 신사참배문제가 발생하자 이를 반대하는 신앙노선을 뚜렷이 보였다. 거창을 중심으로 경남교회의 불참배 운동을 활발히 전개하다가 1940년 7월 검속을 당하였다. 옥중에서 종래의 남고라는 이름을 남선(南善)으로 바꾸었다.
8·15광복 직후인 1945년 8월 17일 석방된 뒤, 이기선·한상동 목사 등과 함께 평양 산정현교회에서 1개월 가량 부흥집회를 개최하면서 한국교회의 회개를 촉구하였다.
같은 해 9월 거창으로 돌아와 11월 제47회 경남 노회장에 피선되었다. 그 뒤, 옥중에서 한상동 목사와 논의한 바 있었던 한국교회재건방침의 하나인 신학교 설립을 구체화, 1946년 9월 고려신학교가 정식 설립되기에 이르렀다.
같은 해 12월 경남노회에서 일제시대 경남교구장이었던 김길장(金吉長) 목사가 노회장이 되고 주남선·한상동을 중심으로 한 교회재건운동에 제동이 걸리면서 고려신학교 인정 취소라는 사태에까지 이르게 되었다.
이에 고려신학교 측은 노회를 탈퇴하여 경남법통노회를 조직함으로써 고려파라는 별개의 교단설립이 이루어졌다.
1977년 건국포장, 1990년에 건국훈장 애국장이 추서되었다.