1974년 12월에 삼덕교회(三德敎會)에서 “증산이 이 땅을 선택하여 성도(成道)하고 백성을 가르친 큰 뜻에 따라 증산의 가르침에 같은 뿌리를 둔 유연(有緣)의 교파들이 서로 힘을 합하여 위급한 시대의 사회환경을 함께 극복하자.”는 취지 아래 창립총회를 열어 ‘증산교단연합회’를 결성하였다. 이 연합회가 결성되기 전에도 수 차례에 걸친 연합활동이 있었다.
1926년 8월 이상호(李祥昊) 등이 발안하여 8개 파가 결성했던 팔파연합회(八派聯合會), 1949년 1월유동열(柳東悅)의 주선으로 17개 파가 결성했던 증산교단통정원(甑山敎團統整院), 1955년 3월 정부의 뀀ㆬ정책에 따라 13개 교단이 결성하였던 증산대도회(甑山大道會), 1960년 9월 일부 동학계까지 합친 민족신앙총연맹(民族信仰總聯盟), 1961년 9월 일부 동학계와 일관도계(一貫道系)까지 포함하여 13개 교단이 이룩한 동도교(東道敎), 1970년 12월 각 교단 대표 90여 명이 모여 결성한 증산교단친목회(甑山敎團親睦會) 등이 그것이다.
1971년 11월에는 이들 친목회를 증산교단협의회(甑山敎團協議會)로 바꾸고, 1972년에는 이를 좀더 확대하고자 증산교단통일회(甑山敎團統一會)를 결성하였다. 그러나 여기에는 10개 교단밖에 참석하지 않았다.
다시 1974년 3월에 증산교단통일회를 해체하고 7개 교단 대표들이 모여 증산교단연합회 결성준비를 해오다가 12월 14일에 창립총회를 가지고 이 단체를 결성하였다.
이때 참석한 교단은 법종교(法宗敎)·보화교(普化敎)·삼덕교·증산교(甑山敎)·증산진법회(甑山眞法會)·보천교(普天敎)·무을교(戊乙敎)·금강도(金剛道)·순천교(順天敎)·모악교(母岳敎)·증산일화계(甑山一和界)·인도교(人道敎) 등이었다. 그 뒤 회원교단이 늘어나 현재 25개 종단이 가입되어 있다.
초대회장에 서병구(徐丙玖)가 선출되어 단체를 이끌어오다가 1980년에 김대수(金大洙), 1994년에 홍범초(洪凡草)가 뒤를 이어 오늘에 이르고 있다. 현재는 증산종단연합회로 명칭을 바꾸고 각종 학술대회와 책자를 발간하는 등 활발한 활동을 전개하고 있다.