대한불교조계종 제12교구본사인 해인사(海印寺)의 말사이다. 879년(헌강왕 5) 도선국사(道詵國師)가 창건하였는데, 월아산 남쪽 남강변으로 청학(靑鶴)이 날아오니 서기(瑞氣)가 충만하므로 이 자리에다 절을 지었다고 한다.
1380년(우왕 6) 실상사(實相寺)의 상총(尙聰)이 중건하였으며, 조선시대에는 선종(禪宗)에 속하였다. 임진왜란 때 완전히 소실되었던 것을 1602년(선조 35)에 계행(戒行)과 극명(克明)이 중건하였고, 1612년(광해군 4) 대웅전을 중건하였으며, 2008년에 성보박물관을 건립하고 2017년에 선불장을 복원하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 대웅전을 비롯하여 업경전 · 보광전 · 나한전 · 선불장 · 적묵당 · 설선당 · 칠성각 · 응향각 · 환학루 · 성보박물관 등이 있다. 1972년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 대웅전 안에는 2010년 보물로 지정된 목조석가여래삼존좌상과 후불탱화로서 2000년 경상남도 유형문화재로 지정된 영산회상도(靈山會上圖)가 봉안되어 있다. 대웅전 앞에는 1972년 경상남도 유형문화재로 지정된 삼층석탑이 있는데 도선국사의 창건 당시에 건립된 것이라 전하며, 신라 말의 양식이 뚜렷한 작품이다. 다른 사찰의 명부전에 해당하는 업경전은 1985년 경상남도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었으며 내부에는 2010년 보물로 지정된 목조지장보살삼존상과 시왕상이 봉안되어 있다. 1997년 국보로 지정된 영산회괘불탱(靈山會掛佛幀)은 매우 섬세하고 채색이 좋은 작품으로서 1722년(경종 2)에 조성되었으며, 이 괘불탱을 보관하는 괘불함은 1988년 경상남도 유형문화재로 지정되었다. 1995년 보물로 지정된 목조 제석천 · 대범천 의상(倚像)은 청곡사성보박물관에 보관되어 있다. 또, 국립중앙박물관에는 범자(梵字)를 넣고 하부에 연판(蓮瓣)을 새겼으며, 모란당초(牡丹唐草)를 전면에 은으로 입사(入糸)한 향로(香爐)가 있다. 원래 이 절의 보광명전(普光明殿)에 있었던 것으로 1397년(태조 6)에 제조된 것이다. 진양출신인 신덕왕후(神德王后)가 태조의 왕비가 된 것을 기리기 위하여 상총이 이 절에 머물면서 대장경(大藏經)을 인성(印成)하였는데, 이에 김사행(金師幸) 등이 동조하여 이 향로를 만들었다고 한다.