대한불교조계종 제2교구 본사인 용주사(龍珠寺)의 말사이다.
창건연대 및 창건자는 미상이나 삼국시대에 창건되었다고 하며, 사찰의 역사는 전해지지 않고 있다. 다만 병자호란 때 의병 1,000명이 구사일생으로 생명을 구하게 되어 산 이름을 천덕산이라 고쳐 부르고, 산골짜기 언덕 안으로 푸른 안개가 끼어 있었으므로 청원사라 칭하게 되었다고 한다. 대웅전의 건칠아미타여래좌상 복장(腹藏)에서는 총 9점의 사경본(寫經本)이 발견되었다. 그 중 감지은니보살선계경(紺紙銀泥菩薩善戒經 권8은 1280년(충렬왕 6)에 왕이 발원하여 대장도감(大藏都監)에서 사경한 것으로 1982년 보물로 지정되어 동국대학교 박물관에 보관 중이고, 1324년(충숙왕 11)에 사경한 감지은니대방광불화엄경주본(紺紙銀泥大方廣佛華嚴經周本) 권12, 40, 41과 감지은니대방광불화엄경정원본(紺紙銀泥大方廣佛華嚴經貞元本) 권16 등 2종 4점은 2012년 보물 건칠아미타여래좌상복장전적(淸源寺 乾漆阿彌陀如來坐像腹藏典籍)으로 지정되어 용주사성보박물관에 보관중이다. 이를 통해 13세기에 있어서 이 절의 규모를 짐작할 수 있으며, 당시는 ‘청원사(淸願寺)’로 불렀음도 알 수 있다. 1936년에 요사를 중수하였으며, 1975년에는 법당과 요사를 중수하였고, 1982년에 경내 석축공사를 마무리하여 오늘에 이른다.
현존하는 당우로는 대웅전과 산령각(山靈閣) · 요사채 등이 있다. 이 중 정면 3칸, 측면 3칸의 대웅전은 조선시대의 건축물로서 2000년 경기도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었으며, 대웅전 앞마당에는 1983년 경기도 유형문화재로 지정된 높이 3.5m의 7층 석탑 1기가 있다. 층수에 비해서 규모가 작지만 체감률이 작은 옥신(屋身) 등이 여주 신륵사의 다층석탑과 유사하며 기단부의 조각이나 옥개석의 처마선은 공주 마곡사의 5층 석탑과 유사하다.