입본은 조선 후기에 지방관이 정부의 승인을 받고 창고에 있던 곡식을 요령껏 활용하여 이익을 남기고, 본래의 액수를 채워 넣는 것이다. 18세기 후반에 환곡은 1,000만 석으로 증가하였는데, 환곡의 지역적 불균형이 나타났다. 이를 해결하기 위하여 곡물을 옮기는 이무(移貿)를 시행하도록 하였고, 곡물을 옮길 때 편의를 위하여 곡물 대신 동전으로 바꾸어 옮기는 이무작전(移貿作錢)이 시행되기도 하였다. 이 과정에서 정부의 허가를 받지 않고 곡식을 옮기거나, 지역적 · 계절적 가격 차이를 이용하여 이익을 취하는 등 많은 폐단이 발생하였다.

환곡은 춘궁기에 곡식을 대여해 주고, 가을에 회수하던 구휼 제도였다. 평시에는 유사시를 대비한 비축곡이었고, 흉년에는 진휼곡으로서 기능하였다. 환곡을 보관하는 과정에서 자연 발생하는 손실분을 보전하기 위해 대여곡의 10%를 이자로 받는 제도가 시행되었고, 뒤이어 모곡의 10%를 회록하여 경비에 사용하는 방식이 관행화되었다. 그 결과 환곡은 중앙과 지방 관청의 주요 재정원으로 자리 잡았고, 이는 환곡 운영이 점차 부세적 성격으로 변화하는 요인이었다. 환곡 제도의 변질은 19세기 중반 민란의 주요 배경이 되었다.