본관은 의령(宜寧). 자는 성보(誠甫). 아버지는 부사 남치욱(南致勗)이며, 어머니는 지중추부사 유진동(柳振仝)의 딸이다.
서총대(瑞葱臺)에서 실시한 정시 무과에 일등으로 합격하여 선전관이 되었다.
이어 도총부도사를 거쳐 외직으로 나가 토산현감·상주판관·해주판관·양산군수·단천군수·경원부사·가리포첨사 등을 지냈다. 중앙으로 발탁되어 승지·병조참의에 이르고 함경남도 병마절도사가 되었다. 어려서부터 학문과 무예에 뛰어난 재능을 보였고, 특히 활쏘기에 매우 능하였다.
또한, 글씨에도 능하여 필법이 청신치건(淸新致健)하다는 평을 들었다. 성품이 매우 준엄하고 강직하여 선조 초 승지로 있을 때에는 을사위훈(乙巳僞勳)의 삭탈을 청함이 매우 준엄하여 훈신(勳臣)들이 모두 두려워하였다. 또한, 가정에서도 자제들의 교육에 예의를 강조하였다. 명종·선조연간의 심학자(心學者)였던 남언경(南彦經)은 동생이다.