대한불교조계종 제7교구 본사인 수덕사(修德寺)의 말사이다. 창건연대 및 창건자는 미상이나 가람의 배치 등으로 미루어보아 고려시대에 창건된 것으로 추정된다.
그러나 조선시대에 도둑의 무리들에 의하여 극락보전만을 남긴 모든 당우들은 불타버렸다. 1994년 무렵 산신각과 요사를 지었다. 현존하는 당우로는 극락보전을 중심으로 산신각과 요사인 무량수각 등이 있다. 이 중 고려 말에 창건된 문수사극락보전은 1973년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.
1973년 문화재관리국(현, 국가유산청)에서도 극락보전에 안치된 1974년 충청남도 유형문화재로 지정된 문수사금동여래좌상을 조사하였고, 불상의 복장(腹藏)에서 발원문을 비롯하여 모시로 된 단수의(短袖衣)와 쌀 · 보리 등 많은 유물들이 발굴되었는데, 이 발원문은 1346년(충목왕 2)에 쓴 것이다.
이를 통하여 극락보전이 고려시대에 건립되었고 조선시대에 중건된 건물임을 추정할 수 있다. 극락보전은 조각수법이 수려하고 웅장할 뿐 아니라 많은 유물들을 소장하고 있다. 주불인 여래상을 비롯, 아미타불 · 미륵불 · 나한상 · 보살상과 각종의 탱화가 봉안되어 있다.