대한불교조계종 제9교구 본사인 동화사(桐華寺)의 부속암자이다. 1658년(효종 9) 도오(道悟)가 창건하였고, 1790년(정조 14) 춘파(春坡)가 중수하였으며, 뒤에 서쪽 산기슭 12기의 부도가 있던 자리에서 현재의 위치로 옮겼다는 설이 있다.
1955년의 불교계 정화 이전까지는 대처승이 거주하였으나 정화 이후 비구니들이 인수하여 참선도량으로 만들었으며, 1960년의 개축 때 낡은 건물이 무너져서 규모가 큰 현존 당우를 건립하였다.
1980년 동안거(冬安居)까지 계속되어온 선방(禪房)은 1981년부터 경제적인 어려움으로 문을 닫았다. 1841년에 쓰여진 양간록(樑間錄)과 함께 염불암에서 발견된 문서에는 당시 부도암에 72인의 승려가 있었다고 기록한 것으로 보아, 동화사의 부속암자 중 가장 컸던 것을 알 수 있다.