대한불교조계종 제12교구 본사인 해인사의 말사이다. 879년(헌강왕 5)에 도선(道詵)이 창건하였다. 도선은 우리나라의 국토를 풍수지리학의 입장에서 살펴본 결과, 백두산의 정기가 태백산맥을 끼고 내려오다가 한 지맥은 한강 이북인 서울 삼각산에 머물렀고, 한 지맥은 남강 물을 먹고 있는 여항산(艅航山)에 와서 맺혔음을 관찰하고 이곳에 암자를 창건하였으며, 이곳이 성인이 살고 있는 곳이라고 하여 성전암이라 하였다.
그 뒤의 역사는 자세하지 않으나 조선 제16대 왕인 인조가 능양군(綾陽君)으로 있을 때 이곳으로 피신하여 국난타개를 위한 백일기도를 올린 뒤에 등극하였으며, 암자에서는 이를 기리기 위하여 인조각(仁祖閣)을 세워 오늘날까지 제향을 올리고 있다. 그리고 임금이 성전암에 머물렀으므로 절 아랫마을을 장안리(長安里)라고 하였다.
2010년 화재로 인해 대웅전, 나한전 등 의 건물이 소실되었으나 인조각은 피해를 면했고, 대웅전의 목조여래좌상도 화를 면하였다. 이후 무량수전 등의 건물이 새로 건축되었다. 진주 성전암 목조여래좌상은 2000년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.