1558년(명종 13) 이조년(李兆年), 이인복(李仁復), 김굉필(金宏弼)의 학문과 덕행을 추모하기 위해 연봉서원(延鳳書院)으로 창건되었으나, 이후 정구(鄭逑) 등에 의해 천곡서원(川谷書院)으로 개명되었으며 주향자로 숙정자(叔程子: 北宋 程頣), 주자(朱子), 김굉필(金宏弼) 등을 배향하였다.
1573년(선조 6) 사액되고 1607년 중액되었으며, 1623년(인조 1) 정구, 1642년(인조 20) 장현광(張顯光)을 추가 배향하였다.
선현배향과 지방교육의 일익을 담당하여오던 중 대원군의 서원철폐령으로 1868년(고종 5) 훼철된 뒤 복원하지 못하였다.