정면 3칸, 측면 2칸의 팔작지붕건물. 1972년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 청곡사는 879년(헌강왕 5) 도선국사(道詵國師)가 창건한 사찰로서, 1380년(우왕 6) 실상대사(實相大師)가 중수하고 임진왜란 때 불탄 것을 광해군 때 복원하였다.
조선 말엽 포우대사(布雨大師)가 다시 대웅전을 비롯하여 사찰 전체를 중수한 바 있다. 도선국사가 청곡사를 창건하게 된 동기는, 진주 남강변에서 청학(靑鶴)이 날아와 이곳에 앉으니 서기(瑞氣)가 충만함을 보고 절터로 정하였다고 전하여오고 있다.
사찰 입구에 있는 교량을 방학교(訪鶴橋)라고도 한다. 대웅전은 1612년(광해군 4)에 재건한 것으로 이 지방에서 가장 오래된 건물인데, 주심포(柱心包) 집으로 활주[活柱 : 추녀 뿌리를 받친 가는 기둥]를 세워 외부의 지붕 무게를 일부 받치고 있다.
대웅전에 봉안한 석가삼존상(釋迦三尊像)은 1615년(광해군 7)에 조성되었는데, 임진왜란 이후 불상으로는 비교적 대작에 속한다.