1984년 충청남도 기념물로 지정되었다. 1977년에 사우가 전면 보수되었으며, 1989년에는 강당이 중건되었고, 1994년에는 관리사가 신축되었다.
현재 복원되어 있는 건물은 사우와 삼문·강당 등이며, 서원 입구에는 정면 우측에 충현서원사적비(1712), 좌측에 충현서원사실우암송선생추향기(忠賢書院事實尤庵宋先生追享記)(1752년)가 서 있고, 사적비 전방에 하마비(下馬碑)가 있다.
충현서원과 관련된 자료로는 유생들의 명단인 《청아록 菁莪錄》, 유생들의 충현서원 방명록인 《심원록 尋院錄》, 서원의 경제적인 기반을 보여주는 《서원위토수도기 書院位土收賭記》등이 충현서원에 소장되어 전해지고 있으며, 1750년에 홍계희가 관찰사로 부임하여 서기의 유고를 모아 간행한 《고청유고 孤靑遺稿》와 1987년에 편찬된 《충현서원지 忠賢書院誌》 등이 있다.