대한불교조계종 직할교구 본사인 조계사(曹溪寺)의 말사이다.
강화도에는 이 절을 비롯하여 청련사(靑蓮寺), 황련사지(黃蓮寺址) 등 연화(蓮花)와 관련된 이름을 가진 절이 많은데, 그 유래에 대하여는 다음과 같은 전설이 전하고 있다.
삼국시대에 이름을 전하지 않는 인도 승려가 우리나라에 들어와서 절터를 물색하다가, 강화도 고려산에 이르렀을 때 그 산정(山頂)에서 다섯 색깔의 연꽃이 만발한 연지(蓮池)를 발견하였다. 인도승은 오종련(五種蓮)을 꺾어서 공중으로 날리고 그 연꽃이 떨어지는 곳마다 절을 세웠는데, 흰 연꽃이 떨어진 곳을 백련사라고 하였다. 다섯 절을 창건한 인도승은 산 이름도 오련산(五蓮山)이라고 하였는데, 후세에 이르러 고려산이라고 부르게 되었다고 한다.
이 절은 416년(장수왕 4)에 창건하였으며, 그 뒤의 역사는 뚜렷하지 않으나 1806년(순조 6)에 건립한 의해당(義海堂)의 사리비(舍利碑)와 부도(浮屠)가 있다. 의해당은 휴정(休靜)의 6세손에 해당하는 선맥(禪脈)을 이은 고승이다.
그 뒤 1905년 인암(忍庵)이 박보월(朴寶月)과 함께 퇴락된 당우(堂宇)를 중건하였으며, 1908년 불상을 개금(改金)하고 탱화를 봉안하였다. 현존하는 당우로는 극락전(極樂殿)과 삼성각(三聖閣)·칠성각(七星閣)·대방(大房)·요사(寮舍) 등이 있다.