국립농산물품질관리원은 농식품 인증제도, 안전성 관리, 원산지 관리, 품질검사, 농업경영체 등록, 농업용 면세유류 사후관리, 직접지불제, 농업인 확인서, 농산물품질관리사 등의 업무를 수행한다.
농식품 인증제도 업무는 친환경농산물 인증제도, 농산물이력 추적관리제도, 전통식품 품질인증제도, 우수식품인증기관 지정제도, 술품질 인증제도, 농산물 우수관리 인증제도, 가공식품산업표준 KS 인증제도, 유기가공식품 인증제도, 지리적 표시제도, 인증 마크 등을 관리한다.
안전성 관리 업무는 안전성 조사, 국가잔류조사, 사료 검정 및 안전성 검사기관 지정 등을 담당한다. 원산지 관리 업무는 농식품 원산지 표시, 음식점 원산지 표시, 쇠고기 이력제, GMO 표시 관리, LMO 수입 승인 및 안전 관리, 인삼류 사후관리를 맡고 있다.
품질검사는 농산물검사, 양곡표시제, 표준규격화를 관리하고 있다. 친환경 안전축산물 직접 지불 업무는 친환경 축산을 실천하는 축산 농가에게 초기 소득 감소분 및 생산비의 차이를 보전함으로써 친환경 축산의 확산을 도모한다. 농업경영체 등록 업무는 농가의 인력정보를 포함한 농산물 및 축산물의 생산정보를 관리한다.
국립농산물품질관리원은 1998년 7월에 농업통계사무소가 국립농산물검사소에 통합되면서 개원하였고, 1999년 7월에 현재의 이름으로 개칭되었다. 농업통계사무소는 1947년 농림부에 설치한 조사통계과에서 출발한다. 1974년에 지방행정기관 농업통계조직이 농림부로 이체되면서 도·농업통계사무소 9개소와 시·군 출장소 139개소가 설치되었다.
농산물검사소는 1949년에 농산물검사법 제정과 함께 발족하였다. 1962년에 국립농산물검사소로 개칭되었고, 1963년에는 시험소를 설치하였다. 1986년 말에는 청사를 서울특별시 종로에서 경기도 안양시로 이전하였다. 1992년에 농산물 품질인증제, 1993년에 농산물 표준 출하규격 사업 기능, 1994년에 농산물 원산지 관리 업무 기능을 담당하게 되었다.
1998년에 137개 출장소 중에서 19개소를 폐지하여 118개소로 축소되었다. 1998년 7월에 농산물검사소와 농업통계사무소가 통합되면서 6개 지소와 80개 출장소로 개편되었다. 2014년 기준 9개 지원 109개 사무소로 조직되어 있다. 2013년 12월에 경상북도 김천시 율곡동으로 이전하였다.
국립농산물품질관리원에서 실시하는 안전성 조사는 생산부터 유통·판매단계까지 안전성이 취약한 품목 위주로 조사를 실시한 것이므로 조사 시기 및 방법 등에 따라 부적합 비율의 변동이 있지만 농산물의 안전성 수준을 객관적으로 평가하기 위한 잔류조사를 별도로 실시하고 있다.
2013년도 상반기 안전성 조사 결과에 따르면 부적합 처리는 총 297건으로 나타났으며 그중 폐기 부문에서 49건, 출하 연기에서 132건, 기타에서 117건이 이루어졌고 56품목 중 297건이 부적합으로 처리되었다.
2013년 국립농산물품질관리원의 원산지 표시 단속실적 누계를 살펴보면 10만 3986개소의 조사장에서 원산지 거짓표시를 한 곳이 1,329개소였고 원산지 미표시로 적발된 곳이 899개소가 있어 총 2억 183만 원의 과태료가 부과되었다.
2014년 상반기에는 커피 및 양잠산물 원산지 단속, 이유식·유아식 원산지 단속 등이 이루어졌다. 원산지 표시 특별단속 실적을 살펴보면 총 7만 105개소의 조사장에서 원산지 거짓표시로 적발된 것은 1,164개소였고 원산지 미표시로 적발된 곳은 794개소로 나타나 총 1억 7907만 원의 과태료가 부가되었다.
최근 WTO의 출범과 FTA 체결의 확대 등으로 국가 간 농산물의 교역이 확대됨에 따라 국가마다 자국의 농업 보호 및 농산물의 안전성 확보에 힘쓰고 있다. 이를 위한 첫 번째 임무로서 소비자 보호를 통한 수입 농산물에 대한 검역이 강화되고 있다.
이러한 상황에 적절히 대응하기 위해서는 안전 관리 기반 구축과 수출 국가별 기준에 맞는 과학적이고 전문적인 관리가 요구되고 있는 실정이다. 이처럼 급변하는 환경에 적극적으로 대응하기 위해 국립농산물품질관리원은 수출입 농산물에 대해 신속하고 정확한 분석을 통한 서비스를 제공을 위해 지속적으로 연구해오고 있다.