1931년 5월 유석창(劉錫昶)이 3·1운동 대표 33인을 비롯한 각계 45명의 후원을 얻어 식민치하에서 병고에 시달리는 동족의 구료(救療)를 위하여 종로2가에 무료 및 실비병원인 사회영 중앙실비진료원으로 설립하였다.
사회영 중앙실비진료원은 그 후 1933년 9월 사회영 중앙진료원, 1934년 5월 사회영 민중의원, 1949년 5월 사단법인 민중병원으로 명칭이 변경되었으며, 1971년 9월 현재의 위치에 병원 건물을 신축하여 이전하였다.
1992년 11월 의과대학 부속병원으로의 전 단계를 구축하기 위하여 사단법인 민중병원을 학교법인 건국대학원 부속 민중병원으로 전환함과 동시에 종합병원으로 승격하였다. 1985년 10월 충주캠퍼스에 의과대학 설립인가를 받음으로써 명실상부한 종합대학교와 종합병원 건설이 실현되게 되었다.
1986년 3월 충주캠퍼스 의예과 신입생 입학과 더불어 민중병원의 증축을 통한 의학대학의 근간이 됨과 동시에 학생들의 실험 실습을 위해 1987년 9월 건평 2,199평, 허가병상 228병상의 병원 규모로 증축하였다. 민중병원과는 별도로 충주캠퍼스 학생들의 실험실습을 위해 1989년 4월부터 의과대학 부속병원을 운영하였다.
민중병원은 학생 실험실습과 더불어 1981년 인턴 수련병원, 1987년 인턴 및 레지던트 수련병원으로 인가 받아 의료인 양성에 기여하였다. 2002년 12월 민중병원이 건국대학교병원으로 명칭을 변경하였다.
2014년 현재 건국대학교병원은 879개 병실, 33개 진료과가 있으며, 450여 명의 의료진을 운영하고 있다.
충주병원은 1990년 8월에 신라병원을 인수하여 설립하였다. 1990년 12월 전공의 수련병원으로 지정받았고, 그 해 충청북도 북부지역 유일의 응급의료센터로 지정되어 지역 발전에도 큰 기여를 하였다. 2002년 12월 건국대학교 충주병원으로 명칭을 변경하였다.