6·25 전쟁중인 1951년 5월 대한기독교 경남 구제위원회를 조직하고 그 해 부산시 영도구 남항동에 복음진료소를 열었다. 초대원장은 장기려(張起呂) 박사가 취임하였으며, 12월에는 복음의원으로 개설하고 현 위치로 이전하였다.
1961년 8월 비영리 의료기관, 1966년 7월 보건 의료기관으로 지정되었다. 1970년 12월 고신대학이 설립되면서 복음병원은 학교법인 고려학원에 편입되었으며, 1977년 3월 종합병원으로 인가되었고, 1996년 2월 고신대학교복음병원으로 명칭을 변경하였다.
이 병원은 1979년 12월 영남지역 최초로 전신용 CT기 및 초음파 진단기를 설치하였으며, 1986년 8월에는 고혈압·당뇨·신장·알러지·갑상선 등 특수 크리닉 센터를 개설하였다.
그 뒤 피부과 레이저 크리닉, 부정맥 크리닉 등이 개설되고, 내과·내분비내과·신장내과·류마티스내과·신경과·일반외과·피부과·가정의학과 등 14개 진료과목이 있다.