백제의 문화와 역사에 대한 연구와 백제시대 유적의 발굴조사를 통하여, 지역사회문화의 개발과 전통문화확립에 기여하기 위하여 1965년 4월에 설립되었다. 1972년 3월 지역개발연구소를 통합, 1972년 10월 정식 연구소로 발족된 뒤 백제시대 유적지에 대한 발굴조사, 학술지의 발간 및 백제문화 학술강연회 등 본격적인 활동을 전개하고 있다.
현재 운영위원회와 연구위원회의 두 부서를 두어 대학 내 교수들로 구성된 운영위원과 연구위원, 비상임연구원이 있으며, 주요사업으로 1970년 공주 서혈사지(西穴寺址) 발굴조사에서 1982년 공주 공산성 내 연못의 발굴조사에 이르기까지 6차에 걸쳐 유적지에 대한 답사연구를 실시하였다.
용역사업으로는 1978년 백제문화권 개발에 즈음한 공주지역문화재 현황조사 외 3건의 과제를 수행하였고, 1975년 웅진천도 1,500년 기념 백제문화학술회 등 모두 12회의 학술발표회를 가진 바 있다. 1969년부터 학술지 ≪백제문화 百濟文化≫를 연간으로 발간하여 1998년 현재 26집이 간행되었으며, 단행본으로 ≪공주의 고문화≫·≪공산성 公山城≫·≪백제문화권의 문화유적≫등도 간행하였다.
1997년도에는 ‘웅진시대 백제문화의 재조명’이라는 주제로 세미나를 개최하였다. 국내의 역사, 고고학관계 연구소 및 일본의 박물관과 고고학관련 연구소, 등과 자료교환을 하고 있으며, 백제지역 내의 유적·유물 지명표를 작성할 예정이다.