제중원(濟衆院)이라는 이름으로 개원되었다. 1911년에 50개 병상 규모의 첫 병원건물이 현재 위치인 광주광역시 양림동 264에 건립되었다. 그러나 1933년 화재로 소실되고 그 다음해인 1934년에 광주시내 교인들의 협조와 화재보험회사로부터 받은 보험금 및 선교회의 보조금으로 다시 지었으며, 이어 결핵전용 병동도 수개 동 증축하여 결핵환자 진료에 힘써 왔다.
그러던 중, 일제강점기인 1940년에 강제로 폐쇄되었다가 6·25전쟁이 발발한 이듬해인 1951년에 남장로교 선교회에서 파송한 카딩턴(Herbert A. Codington, 한국이름 고허번)에 의하여 결핵요양원으로 재개원되어 많은 결핵환자를 치료해 오다가 1960년대에 이르러 지역민의 요구에 따라 일반외과·흉부외과·소아과·산부인과·치과 등이 증설되고, 또 내과도 일반내과와 결핵과로 분리되는 등 종합병원으로 발전하게 되었으며, 1965년에는 보건사회부로부터 전문의 수련병원으로 지정되었다.
1970년에 선교회로부터 분리되어 독립 재단법인을 구성하고 병원 명칭도 재단법인 광주기독병원으로 개칭하여 현재에 이르고 있다.
재단법인은 ① 치료를 통한 선교, ② 전문의료인의 양성, ③ 지역사회 보건사업이라는 설립목적을 달성하기 위하여 17개의 진료과를 보유하고 있으며 내근의(內勤醫) 및 전공의(專攻醫)의 교육에 힘쓰는 한편, 보건사업과(保健事業科)를 두어 모자보건(母子保健)·가족계획사업 및 의료취약면(醫療脆弱面)을 선정하여 지역사회 보건사업을 해오고 있다.
또한 보건사회부로부터 전라남도 지역 내 모자보건센터를 총괄하는 모자보건종합센터의 구실을 위임받아 군(郡) 모자보건요원의 교육과 기술지도를 하고 있다. 또, 원목실(院牧室)을 두어 병원 직원들의 신앙생활 지도와 환자들의 자문 및 전도에도 힘쓰고 있다.
약 1만여 평의 대지 위에 연 7천 평의 건물을 보유하고 있으며, 2013년 현재 총 허가 병상 수는 540개 병상이고 진료 과목 29개과, 직원 수 800여 명이다.