1948년 정부수립 이후 농림부 농정국 농업자재과에서 농업자재에 대한 수급계획·보급장려 및 가격조절 등의 업무를 관장하고, 농촌진흥청에서 시험 및 연구를 병행하여 실시하다가 1966년 4월 23일 국립농업자재검사소가 설치되어 2급행정직 및 기술직인 소장 아래 서무과·화학검사과·생물검사과·농기구검사과로 조직되었고, 서울특별시 동대문구 휘경동 43번지의 24호에 소재하고 있었다.
주요 업무에는 비료·농약·농업기계, 즉 농업자재에 대하여 생산업체가 생산한 제품을 국가기관이나 지방자치단체 및 소비단체에서 일정한 양의 시료를 발취하여 이 검사소에 검사를 의뢰하는 ‘위탁검사’와, 시중에 판매·유통되고 있는 각종 비료·농약·농기구 중에서 일정한 양의 시료를 직권으로 발취하여 검사하는 ‘단속검사’가 있었다. 이와 같이 발췌된 시료 또는 표본에 대한 검사방법은 다음과 같다.
① 비료 농약의 성분이 제조처방된 규격상의 기준에 합당한지 여부를 분석하는 이화학적 검사방법, ② 농작물을 재배하여 병충해의 방제에 대한 약효와 작물이 약해를 입지 않는지, 또한 비료를 살포하여 비료의 효과와 작물이 피해를 입지 않는지 등을 검사하는 생물학적 방법, ③ 농업기계에 대한 검사로 기준에 맞는 구조 또는 재질조사와 형식 및 성능 등의 정밀검사방법, ④ 비료 포장대 검사로 3단계 높이에서 낙하하여 파대 여부를 확인하고 인장과 강도 등을 정밀 조사하는 검사방법 등이 있었다.
또한, 비료의 경우 1960년까지 수입에 의존하다가 1961년 충주비료, 1962년 호남비료 등 비료의 국산화가 시작되었고, 농약은 1946년 말 4개 회사에 불과하였으나 1987년 현재 24개 회사로 증가하였다.
농업기계 역시 1960년대 중반까지 제조자가 제작과정에서 기술시설 인식 등이 부족하고 생산비 절감 때문에 사실상 부실하게 제조되었던바, 기술도입·시설개선 등 장비의 현대화를 유도하여 많은 개선이 이루어졌다.
그러나 제품의 종류가 다양해지고 생산량도 많이 늘어남에 따라 불량품 발생률이 매년 증가하자 품질관리에 역점을 두고 교육 및 확인 지도 등 검사업무와 병행하였다. 1994년 12월 농촌진흥청에 흡수되어 수원시로 옮겨 가고, 그 기능 중 일부는 다른 농촌진흥청 산하 연구기관인 농업과학기술원에 이관되었다.