한국불교태고종에 속한다. 신라 선덕여왕 때 활동하던 밀종(密宗)의 큰스님 밀본(密本)이 창건하여 성문사(城門寺)라 했다고 한다. 그러나 백제의 영토에 신라 승려가 와서 창건했다는 것은 신빙성이 없다.
1481년(성종 12)에 편찬된 『동국여지승람(東國輿地勝覽)』에는 금곡사라고 나와 있다. 1592년(선조 25) 임진왜란 때 의승군의 훈련장으로 활용하다가 왜군의 침습으로 소실했다. 1799년(정조 23)에 편찬된 『범우고(梵宇攷)』에는 이미 폐사되었다고 나와 있다.
일제강점기에 절터에 건물을 중건하여 오늘에 이르고 있다. 건물로는 무량수전을 비롯하여 칠성각 · 범종각 · 요사채가 있다. 무량수전에는 목조삼존불이 봉안되어 있으나, 모두 근대에 조성된 작품이다.
유물로는 1985년 보물로 지정된 강진 금곡사 삼층석탑과 석등 대좌, 범종, 불화 6점 등이 있다. 삼층석탑은 백제계 양식의 고려 초기 작품으로 1988년 6월 해체, 복원할 때 부처님 사리 32과가 발견되었다.
석등 대좌는 고려시대의 작품으로 이 절의 입구 길가에 있다. 범종과 불화는 모두 1970년대 이후 조성된 것으로 국가유산의 가치는 없다.