1899년 4월 26일 칙령 제14호로 내부직할병원설립관제를 반포하고 5월 12일에는 내부령(內部令) 제16호로 병원세칙을 실시하면서 설립된 국립병원으로서 일반 환자를 진료하였다.
이 외에 감옥서(監獄署) 죄수들의 치료 또는 전염병환자에 대한 피병원(避病院) 설치 등의 규례가 세칙에 명시되었으며, 직제는 병원장 1인, 기수(技手) 1인 및 의사 15인 이하, 곧 대방의(大方醫) 2인, 종두의(種痘醫) 10인, 외과의 1인, 소아과의 1인, 침의(針醫) 1인으로 되어 있었다.