내국(內局)·내약방(內藥房)·약원(藥院) 등으로 불리었다. 조선 건국초에 반포한 관제 중에는 그 이름이 없으나, 태종 때 왕실의 내용약(內用藥)을 맡은 기관으로서 내약방이 있었다.
그 뒤 1443년(세종 25) 6월에 이조(吏曹)에 계청(啓請)하여 내약방을 내의원이라 칭하였는데, 관원 16인을 두고 3품은 제거(提擧), 6품 이상은 별좌(別坐), 참외(參外)는 조교라 하였다. 따라서, 이때에 이르러 비로소 독립관제로서의 내의원이 설치된 것이다.
1466년(세조 12) 1월 관제개혁 때 내의원에 소속된 관직은 정(正)·첨정(僉正) 각 1인, 판관(判官)·주부(注簿) 각 2인, 직장(直長) 3인, 봉사(奉事)·부봉사(副奉事)·참봉(參奉) 각각 2인씩 두어졌다. 이것이 ≪경국대전≫에 법제화되면서 인원수에 약간 증감이 있었을 뿐 그 관제는 그대로 존속되었다.
특히, 이때에 와서는 새로이 도제조(都提調)·제조·부제조를 1인씩 두었는데, 부제조는 승지가 겸임하였다. 그 뒤 ≪속대전≫에 와서는 직장이 3인에서 1인으로 감축되었다.
≪육전조례 六典條例≫에는 위의 관원 외에 산원의관(散員醫官)으로 정원이 없고 위직으로 충당되는 당상(堂上)과 당하 12인, 위직 2인, 침의(鍼醫) 12인, 의약동참(議藥同參) 12인, 어의 3인, 이서(吏胥)로는 서원 23인, 종약서원(種藥書員) 2인, 대청직(大廳直) 2인, 도례(徒隷)로는 본청사령(本廳使令) 7인, 임시사령 5인, 의약청사령 2인, 침의청사령 2인, 급수사령(汲水使令) 1인, 군사(軍士) 2인, 의녀(醫女) 22인, 수여공(水女工) 2인, 동변군사(童便軍士) 3인, 삼청군사(三廳軍士) 18인을 두었다.
내의원은 1885년(고종 22)에 전의사(典醫司), 1895년에 태의원(太醫院), 민족항일기에는 이왕직전의국(李王職典醫局)으로 되었다.