설립 당시의 공식명칭은 농어촌개발공사였다. 1996년 8월 해양수산부가 발족한 후, 이전의 수산업무는 해양수산부의 지휘감독을 받고 있다. 제1차 경제개발5개년계획 기간에 공업부문 성장률은 8.3%에 달하였으나 농수산 부문의 성장률은 4.0%에 머물러 공업 부문과 농수산 부문간의 격차가 심화되었다.
이에 공업 부문과 농수산 부문의 균형 있는 발전과 양 부문간의 상호 보완을 위하여 정부는 농업 기반의 형성, 농기구의 개발 및 보급, 농업특화사업을 시도하였으며, 농수산물의 생산·처리·가공·유통을 일관하는 체제를 확립함으로써 지역사회의 개발, 생계농업에서 상업농업으로의 전환, 농어민의 소득증대를 도모하게 되었다.
1986년 농산물·수산물·축산물의 냉동·냉장과 유통·가공 사업을 수행하는 한국냉장주식회사, 농수산물의 수출창구로서 일본현지법인으로 설립된 한국물산주식회사, 농촌의 낙농가와 유가공공장을 연결하여 낙농업제품을 생산하고 있는 매일유업주식회사, 잎담배의 품질향상과 해외시장 개척을 위한 주식회사 코텍 등 4개 사를 관리, 운영하였다. 1987년 1월 농어촌개발공사에서 농수산물유통공사로 명칭을 변경하였다.
1999년 당시 기구는 본사에 사장·부사장·기획관리본부·유통지원본부 및 수출진흥본부장 아래 기획관리실·총무관리처, 유통조성처, 기금관리처, 국영무역처, 수출진흥처, 수출개발처, 정보지원처 등이 있었다. 또한 그 아래 부·팀을 두고 서울·부산·대구·광주·대전 등 5개 지역에 지사를, 또 산하지역에는 지소를 두었다.
농산물의 수출개발과 지원을 목적으로 일본의 도쿄와 오사카, 미국의 뉴욕·로스앤젤레스, 네덜란드의 로테르담, 싱가포르, 중국의 베이징·상하이, 러시아 모스크바 등지에 농업무역관을 설치·운영하였고, 미국 로스앤젤레스에는 한·미식품조사연구소를 설치·운영하였다.
주요 사업으로는 농수산물의 저장과 처리 및 가공기술의 개발과 육성을 위하여 해당 업체에 자금·기술·경영 등의 종합지원과 내외자를 조달하여 대여하는 자금지원사업과 농어민들에 대한 농수산물의 안정적 판로보장을 통해 농어민의 소득증대를 꾀하였다.
또한, 농수산물의 수급조절과 가격안정을 위하여 성출하기에 수매, 비축하여 적정 수준의 농수산물을 방출하며, 국내 공급부족분에 대해서는 해외에서 수입함으로써 소비자보호를 추구하였다.
특히, 1982년의 <농수산물유통공사법> 개정 이후 도매시장기능의 강화, 산지직거래의 확대, 거래단위의 규격화, 유통정보의 조사, 유통인 교육 등 본격적인 사업활동을 통해 유통산업의 근대화와 함께 생산자와 소비자의 권익보호를 이룩함으로써, 건전한 상거래질서의 확립과 균형적인 국민경제의 발전을 도모한 바 있다.
농수산물유통공사는 2012년 한국농수산식품유통공사로 명칭을 변경하였다.