감염병에 관련된 학문의 연구를 통하여 감염학 발전과 국민보건 향상에 기여하기 위하여 전종휘(全鍾暉) · 기용숙(奇龍肅) 등 41명이 중심이 되어 발기하였으며, 1961년에 창립하였다.
대한감염학회의 발족은 광복과 6.25사변 등 큰 어려움을 겪은 우리 나라 시대상과 이에 따른 각종 감염성 질환율이 많이 발생하던 당시의 상황으로 보아 의학계는 물론 국가적으로 그 필요성이 절대적이었다.
1969년에는 학회지 ≪감염( Infection & Chemotherapy)≫을 창간하였고, 1999년부터 2000년에 걸쳐 ≪항생제의 길잡이≫ 개정판을 발간하여 진료 일선에서 항생제의 사용에 유용한 지침서로서의 역할을 하고 있다.
2001년에는 ≪대한감염학회 40년사≫를 발간하였고, 감염전문가들의 노력과 협력으로 대한감염학회에서 ≪성인예방접종≫을 2007년에 발간하였다. 2018년에는 ≪한국전염병사≫ 를 출간하여 역사적으로 등장하는 전염병 관련 각종 용어와 개념들을 설명하고 그 개념사를 밝히며 서양의 용어, 한의학의 용어 및 우리 일상에서 사용되던 전염병 관련 용어 들을 망라하여 정리하였다. 2024년에는 대한항균요법학회와 공동으로 학술대회를 개최하였다.
학회지 ≪감염≫은 KCI, ESCI 및 SCOPUS에 등재되었다. 각종 전염성 질환의 발생시 관련기관으로부터 의뢰를 받아 그 발생 원인과 전염 방지대책을 세워 국가 방역사업에 기여하고 있다. 이 밖에도 아시아 지역의 감염학 학술단체와 적극적인 교류를 진행하고 있으며, 1995년부터 학술상을 만들어 회원들의 학문적 열의를 고취하고 있다. 감염성 질환의 퇴치라는 목표를 달성하기 위하여 내과 · 소아과 · 임상병리과 등 임상의학과 미생물학 · 기생충학 · 예방의학 등 기초의학의 관련 인사들이 참여하여 기초 · 임상 의학간의 긴밀한 관계를 갖고 함께 공동의 노력을 경주하고 있다.