감염병에 관련된 학문의 연구를 통하여 감염학 발전과 국민보건 향상에 기여하기 위하여 전종휘(全鍾暉)·기용숙(奇龍肅) 등 41명이 중심이 되어 발기하였으며, 1961년 11월 11일 창립총회에서 초대 회장에 임명재, 부회장에 전종휘를 선출함으로써 창립되었다.
대한감염학회의 발족은 광복과 6.25사변 등 큰 어려움을 겪은 우리 나라 시대상과 이에 따른 각종 감염성 질환율이 많이 발생하던 당시의 상황으로 보아 의학계는 물론 국가적으로 그 필요성이 절대적이었다.
다음해에 의학협회 산하 분과학회에 가입하였고 제1차 학술대회를 개최한 이래, 지금까지 매년 1회씩 개최하여 감염성 질환과 관련 질환을 주제로 폭넓은 의견 교환과 연구 발표의 기회를 제공하고 있다. 또한, 1986년 이후부터는 매월 1회씩 월례집담회를 개최하고 있으며, 1999년부터는 연 4회 전국적인 규모의 연수교육을 실시하고 있다.
학회 기관지인 ≪감염≫은 1969년에 창간호가 발간되었으며, 1984년부터 연 2회, 1987년부터 연 4회, 1995년부터는 연 6회 발간하고 있다. 이 학회는 각종 전염성 질환의 발생시 관련기관으로부터 의뢰를 받아 그 발생 원인과 전염 방지대책을 세워 국가 방역사업에 기여하고 있다.
이 밖에도 아시아 지역의 감염학 학술단체와 적극적인 교류를 진행하고 있으며, 1995년부터 학술상을 만들어 회원들의 학문적 열의를 고취하고 있다. 1999년 현재 640여명의 회원이 있으며, 감염성 질환의 퇴치라는 목표를 달성하기 위하여 내과·소아과·임상병리과 등 임상의학과 미생물학·기생충학·예방의학 등 기초의학의 관련 인사들이 참여하여 기초·임상 의학간의 긴밀한 관계를 갖고 함께 공동의 노력을 경주하고 있다.