1953년 11월 6일 창립된 대한결핵협회 내의 학술부가 1961년 10월 15일 독립하여 대한결핵학회가 정식으로 창립되었다. 1954년 학술지 전신 ≪결핵≫을 창간하고, 1989년에는 학회 명칭을 '대한결핵 및 호흡기학회'로 변경하였다. 1962년년에는 의협산하 분과학회로 정식 가입하였다. 1962년에는 학술지 명칭을 ≪결핵≫에서 ≪호흡기질환≫으로 변경하였다가, 1963년에 다시 ≪결핵 및 호흡기질환≫으로 변경하였다. 1967년에는 결핵 전문의 제도를 법제화하였다.
1975년에는 제4차 아시아태평양흉부질환학술대회(APCDC)를 개최하였고, 1988년에는 아시아·태평양 호흡기질환학회(APSR)를 창설하였다다. 1989년에는 학회명을 '대한결핵 및 호흡기학회'로 변경하였고,
1992년에는 제12차 아시아태평양흉부질환학술대회(APCDC)를 개최하였다. 1997년에는 '개흉 폐생검 및 흉강경하 폐생검의 현황 전국실태조사 사업'을 시행하였고, 2003년부터는 매년 '폐의 날'을 개최하기 시작하였다. 2004년에는 학술지 명칭을 "Tuberculosis and Respiratory Diseases"으로 변경하였고, 2009년에는 제14차 아시아·태평양 호흡기학회 학술대회(APSR)를 개최하였다.
2012년에는 학술지 "Tuberculosis and Respiratory Diseases"를 전면 영문으로 발행하기 시작하였고, PubMed Central에 등재되었다. 2013년에는 창립 60주년 기념 및 학술대회를 개최하였다. 2014년에는 일본호흡기학회(JRS)와의 MOU를 체결하였고, 2018년에는 대한의학회가 선정하는 "우수학회"에 6년 연속 선정되기도 하였다. 2019년에는 학회지가 TRD와 ESCI에 등재되었다. 2020년에는 COVID-19 학회 대책위원회를 구성하여 국가적 재난 대처의 일선에서 활약하였다. 2022년에는 제17회 폐암 심포지엄을 개최하였다.
영문 학술지 "Tuberculosis and Respiratory Diseases"를 발간하고 있으며, 결핵 퇴치를 위한 노력은 물론, 만성폐쇄성폐질환(COPD), 폐암, 천식, 중환자실, 감염병 및 환경성폐질환 등 다양한 호흡기 질환에 대한 연구와 학술 활동을 하고 있다.
대한결핵협회와 공동으로 결핵전문서적인 ≪최신폐결핵진단≫(1961), ≪결핵≫(1974), ≪결핵≫ 증보판(1984), ≪결핵 및 호흡기학 의학용어집≫(1990) 등을 발간하여 의학도 양성을 위한 교재로, 결핵학 연구의 기초적 자료로 이용하고 있다.