1975년 12월 서울대학교 치과대학에서 발족되었다. 근년에 이르러 급진적으로 발전하는 현대 생물학이 치의학 분야에도 지대한 영향을 미침으로써 치과생물학에 관한 새로운 정보가 범람하게 되고, 이를 기반으로 한 임상응용에 관한 문헌도 폭주하게 되었다. 형태적 방법이나 사고로만 연구되어오던 치과생물학 분야는 오늘날에 있어서 기능적 방법이나 사고를 도입함으로써 급속도로 비약하여 다른 생물학 분야와 비견할 만큼 성장하였다.
우리나라에서도 생화학·생리학·약리학·미생물학 등의 연구교실이 치과대학에 만들어져 소수나마 성실한 연구업적이 다른 분과학회를 통해서 발표되어 왔다. 이에 즈음하여 구강생물학회를 창립함으로써 기초 및 임상을 포함하는 구강생물학의 발전에 기여하고 있다.
학회의 조직은 구강생물학 분야에 종사하거나 이에 관심이 있는 자들로 구성되며, 회장, 차기회장, 총무, 재무, 학술 및 편집이사를 두고 모든 학회업무는 이사회 중심으로 운영된다.
주요학술활동은 춘계 및 추계학술대회, 학술집담회, 학회지 발행 등이며, 1977년부터 『대한구강생물학회지』가 연 1회 발간되다가 1986년부터 연 2회 발행되고 있다. 1981년부터 한국과학기술단체총연합회 회원단체로 가입되어 학회지 발행에 일부 보조를 받고 있다.
방학을 이용하여 전국 치과대학 구강생물학 분야에 종사하는 교수 및 대학원생들이 모여 구강생물학 분야 교육의 평가와 교과과정에 대한 워크숍을 개최한 바 있으며, 개업하고 있는 치과의사들의 보수교육에도 일익을 담당하고 있다. 또한, 연 1회 개최되는 국제구강생물학회에도 회원의 참여가 활발하다.