구강해부학 분야의 발전과 연구를 위해 1962년 10월 서울대학교 치과대학 구강해부학교실이 중심이 되어 설립되었다. 창립 당시에는 임원과 회원이 모두 서울치대 출신이었고, 모든 기초교수들이 대한치과기초의학회에 속하여 활동하였다. 그러던 중 대한치과기초의학회의 주된 회원들이 해부학 및 병리학 전공자들이었는데, 서로 합의하여 1962년에 대한구강해부학회와 대한구강병리학회를 각각 창립함으로써 대한치과기초의학회는 해산되었다.
1964년에는 『대한구강해부학회지(The Korean Journal of Oral Anatomy)』를 창간하였는데, 실질적인 창간호는 1977년 2월 28일 발간되었고, 현재까지 매년 1~2회 발간하고 있다. 1980년 후반에 이르러 경희대학교를 필두로 전국의 10개 치과대학에서 구강해부학 전임교수가 발령을 받으면서 학회도 급속하게 발전하였다.
2002년부터 대학구강해부학회의 학술대회 및 정기총회는 대한기초치의학회(대한구강해부학회, 대한구강보건학회, 구강생물학회, 대한구강악안면병리학회, 대한치과기재학회, 대한치과의료관리학회, 대한치과의사학회)의 학술회의와 통합하여 매년 11월-12월에 개최하는데, 첫날은 통합학회를 시행하고, 둘째 날은 대한구강해부학회의 발표회로 진행하고 있다.
2020년에는 『대한구강해부학회지』가 한국연구재단 등재 학술지에 선정되었다. 2022년에는 학회 창립 60주년 기념 학술대회를 개최하였다.
2000년 이후에는 전국 각 치과대학을 졸업한 교수와 대학원생들이 증가함으로써 회원수가 급격히 증가하고 있으며, 학회차원에서 구강해부학 및 조직학 교과목 요목정리, 교과서 번역 및 편찬사업 등을 활발히 수행하고 있다. 학술지 『대한구강해부학회지』를 발간하고 있으며, 기타 간행물로 『구강조직학』(1996) 등이 있다.