1962년 10월 서울대학교 치과대학 구강해부학교실이 중심이 되어 설립되었다. 학회의 임원은 회장·부회장·감사·간사를 두고, 총무부·학술부·편집부를 구성하여 업무를 관장하고 있다. 설립 초기는 서울대학교 치과대학이 국내에서 유일하여 회원수가 적고 활동도 미약하였으나 1998년 12월 현재 회원수가 186명에 이르고 있어 학술연구활동이 활발하며 매년 학술대회를 개최하고 있다. 주요 간행물로는 『구강조직학』(1996)·『대한구강해부학회지』(반년간) 등이 있다.