기생충 및 기생충병에 대한 연구와 지식의 향상, 해외 학계와의 지식 교류, 일반 사회에 대한 홍보, 자문 및 회원 상호간의 친목을 목적으로 1959년 1월 15일에 서울에서 서병설(徐丙卨)·소진탁(蘇鎭卓) 등이 중심이 되어 창립하였다.
창립 이후, 매년 2회의 학술발표회를 개최하고 있는데, 국내의 의학·수의학·생물학 등 관계 분야의 학문을 전공하는 학자들이 모여 기생충과 기생충병에 관한 제반 학술문제를 발표하고 토론한다.
1963년에 학술지 『기생충학잡지』(영문표기 : The Korean Journal of Parasitology)를 창간하였으며, 1988년부터 연 4회 발간하고 있다. 또한, 1963년부터 회원의 연구 의욕을 진작하고자 학술상을 수여하고 있으며, 학술용어위원회에서는 학술용어와 학명 등을 심의, 제정하고 있다.
그리고, 보건복지부와 한국건강관리협회 등 보건단체의 사업에 대해서 평가와 자문을 한다.
회원의 자격은 학회의 목적과 취지에 찬동하는 자이다. 1998년 현재 회원수는 373여명이다. 학회의 주된 사무소는 서울특별시에 두고 있다.