1945년 12월 4일 서울대학교 의과대학 부속병원에서 내과학회 발기준비위원회를 구성하고, 같은 달 15일 세브란스병원에서 발기인총회를 개최하여 창립되었다.
1945년 12월 23일 서울대학교병원에서 조선내과학회 창립총회를 가졌으며, 초대 회장에 심호섭(沈浩燮)을 선출하였다. 1948년 8월 대한내과학회로 개칭되어 오늘에 이르고 있다.
학회는 초기의 위원장제에서 회장제로, 다시 1974년부터 이사장제도를 채택하였으며, 기획 · 총무 · 수련 · 학술 · 간행 · 고시 · 보험 · 재무 · 분과 전문의 관리 등 9개 부서를 두어 회무를 분담하고 있다.
창립 당시 50여명이었던 회원이 1999년 현재 정회원 6,800명, 준회원 388명으로 늘어났으며, 또 지방에는 서울 · 부산 · 인천 · 경북 · 경남 · 충남 · 전남 · 전북 등 8개의 지방지회를 두고 지역단위 학술활동을 뒷받침하여주고 있다.
주요 학술활동으로는 1947년 11월 16일 제1회학술대회를 개최한 뒤 1964년부터 연 2회 춘 · 추계학술대회를 주관하고 있다. 또, 1949년 10월에 창간된 ≪대한내과학회잡지≫는 1958년부터 연 2회로 발간되다가 1962년부터는 월간으로 발간되어 미국 의학문헌 잡지인 ≪메디컬 인덱스 Medical Index≫에 공인, 수록되었다.
1960년대에 내과학회학술상을 제정하였고, 후학들의 학술연구활동을 고취시키고자 김동익(金東益) 명예회장이 희사한 기금으로 1980년 춘계학술대회부터 우수연구자에게 ‘청람연구비(靑嵐硏究費)’를, 1983년 추계학술대회부터는 현대약품주식회사의 후원으로 제정된 ‘대한내과학회학술상’을 수여하고 있다.