면역학에 관한 학술적 연구, 면역질환의 예방 및 치료 등을 통하여 국민 보건향상과 회원 상호간의 정보교환 및 친목도모를 목적으로 1974년에 창립되었다.
국내 면역학 수준의 낙후와 국제적으로 최신면역학이 급속도로 발전되어감을 실감하여 국내 각 의과대학의 기초의학 및 임상의학 교수들로 구성된 한국생물의학연구회 회원들의 주선으로 1974년 7월 창립총회를 개최하여 대한면역학회 회칙을 통과시켰다.
조직은 회장·부회장을 비롯하여 총무부장·학술부장 및 감사로 되어 있고, 회장·부회장 및 감사는 총회에서 선출하고, 총무부장과 학술부장은 회장이 임명한다. 초대 회장은 기용숙(奇龍肅)이며, 역대 회장은 고문으로 추대한다. 이사진은 각 학교 및 연구기관에서 파견된 학자들로 구성되어 있으며, 이사회를 구성하여 학회운영에 참여하고 의결한다.
회원도 설립 당시 93명이던 것이 1998년 현재 750명이며, 1975년 9월 제1차대한면역학회 학술대회를 가진 이후 1985년부터는 춘계와 추계로 나누어 1년에 2차례씩 학술대회를 열고 있다. 또한, 수시로 면역학계의 국내외 석학을 초빙하여 특강 및 심포지엄을 개최하고 있다.
학회지 ≪대한면역학회지≫는 1979년 제1권을 발행한 이래 1986년부터는 연 2회 발간하여 1998년 현재 제20권을 발행하였다. 1977년 5월 한국과학기술단체총연합회에 가입하였고, 대한의학협회 분과학회협의회에 가입되어 있다. 1987년 8월면역학회국제연합(International Union of Immunological Societies, IUIS)에 회원국으로 정식 가입하였다.