8·15광복 후 우리 나라는 정치·경제·사회 등 전반적으로 혼란한 시기였고, 의과대학도 일본인이 물러간 뒤 거의 공백상태였다.
더욱이, 기초의학을 전공하려는 사람은 드물어, 모든 여건이 당시로서는 상상할 수 없을 정도로 나빴다. 1964년 여름, 병원성 미생물학을 전공하는 학자들이 회합하여 학회를 조직하였는데, 1966년까지는 해마다 한번씩 학회를 열다가 1967년부터는 봄에는 지방에서, 가을에는 서울에서 학회를 열어, 1987년 봄까지 59차의 학술대회를 열었고, 현재의 회원수는 472명에 달하였다.
1957년 창간호인 ≪대한미생물학회지≫ 제1권 제1호부터 해마다 1번씩, 1985년부터 1년에 2번, 1986년부터 1년에 4번씩 발행하였으며, 1999년부터 연 6회, 이외에도 영문학술지가 연 6회 발간되고 있다. 2001년 현재까지 통권 35권이 발간되었다.