1946년 10월 설립되었다. 병리학은 해부병리학과 임상병리학을 포함하는 것으로, 기초의학 진흥 이외에 환자진료, 적정사업 향상 등 의학계의 중요한 핵심분야이다.
1945년형태병리의동호인회(形態病理醫同好人會)를 조직하여 학술 및 친목을 유지하다가 1946년 10월 서울대학교 의과대학에서 약 20명이 발기하여 학회를 창립하고 윤일선(尹日善)이 초대회장으로 취임하였다. 1949년 제1회학술대회를 개최하였는데 이후 8회까지는 의학협회와 공동으로 주관하였다.
그동안 많이 논의되었던 임상병리를 포함하여 학회활동이 더욱 활발하게 되었다. 1961년 12월 학회지의 발간과 전문의제도 추진을 결정하였다. 1961년부터 조직검사집담회를 매월 개최하여 지금은 선진국 수준으로 발전되어 형태병리학자의 유일한 적정진료관리의 하나가 되었다.
1975년 학회명 ‘Korean Society for Pathology’를 ‘Korean Society of Pathologists’로 변경하였고, 1967년≪대한병리학회지≫를 창간하였다. 학술활동으로는 춘계·추계 학술대회, 조직검사, 집담회, 각 분야별 단기과정 워크숍, 토론회와 특강 등으로 병리조직진단과 환자치료관리 및 기초의학발전과 의학교육 등 국민보건향상에 크게 기여하고 있다.
주요간행물로는 1996년≪대한병리학회50년사≫를 발간하였고, 정기간행물로 ≪대한병리학회지≫를 월간으로 발행하고 있다. 1998년 12월 현재 회원 총수는 592명이다.