1957년 4월 10일 대한내과학회에서 분과하여 '대한순환기학회'라는 명칭으로 창립되었다. 한국전쟁 이후 나날이 발전하는 선진국의 순환기학에 발맞추기 위한 목적이었다.
당시 미국유학에서 돌아온 각 대학 내과교수들이 주축이 되었고, 초대회장에는 서울대학교 의과대학 내과교수 강승호(姜承鎬)가 취임하였다. 1960년에는 아세아 태평양 심장학회에 등록하였고, 1962년에는 국제심장병학회에 정회원으로 가입하였다. 1979년에는 제1회 한일합동 순환기병 학술대회를 서울에서 개최하였다. 1981년에는 일본 동경에서 제 2회 한일합동 심장병학회를 개최하였다. 1986년에는 제7회 한일합동 순환기병 학술대회를 서울에서 개최하였다. 1992년에는 제10차 아세아 태평양 심장병학회를 서울에서 개최하였고, 1994년에는 제15차 한일합동심포지엄을 개최하였다.
2007년에는 대한순환기학회,한국심초음파학회,한국지질.동맥경화학회 통합 학술대회를 개최하였고, 이 해 학회 이름을 '대한심장학회'로 바꾸었다. 2011년에는 보건복지부로부터 재단법인 심장학연구재단 설립허가를 받아 재단운영을 시작하였다. 2013년에는 재단법인 심장학연구재단이 기획재정부로부터 지정기부금 단체로 승인되었다. 2019년에는 학회지 편집을 담당하는 제2사무국을 개소하였다. 2025년에는 대한심장학회, 대한부정맥학회, 대한소아심장학회, 대한심부전학회, 대한심혈관중재학회, 한국심초음파학회, 한국지질·동맥경화학회 통합 학술대회를 개최하였다.
1980년대 부터 흉부외과와 소아과의 · 심장전문의들도 참여하여 범순환기학회의 성격을 띠게 되었고, 외국 심장학회와 교류하여 국제활동을 개시하게 되었다. 세계심장학회연맹 및 아시아 · 태평양지역 심장학회에 가입하여 활동하고 있다.
학회지로 『순환기(Korean Circulation Journal)』를 발행하고 있으며, 1986년에는 『순환기학의학용어집(循環器學醫學用語集)』 및 『순환기계논문목록집(循環器系論文目錄集)』를 발간하였고, 『대한순환기학회30년약사』를 발간하였다. 이 외에도 학술상을 제정하여 학회의 발전 및 심장병 연구에 기여한 인사에게 수여하고 있다.