심호섭(沈浩燮)·명주완(明柱完) 등이 중심이 되어 8·15광복 직후인 1945년 9월 서울에서 설립하였다.
그 뒤 1955년 6월 학회명칭을 대한신경정신의학회로 개칭하였으며, 1961년 9월 5·16혁명으로 해산된 학회재건을 위한 발기인대회를 열어 회칙을 개정하였다.
매년 2회 정기적으로 학술연구발표회와 10회의 월례집담회를 개최하고 있으며, 연 2회 이상의 연수교육을 실시하고 있다.
1962년부터 학회지 ≪신경정신의학≫을 매년 4회씩 발간하여 1998년 현재 제37권까지 간행되었고, 1985년부터는 연 1회 ≪대한신경정신의학회연보≫도 발간하고 있으며, 회원 상호간의 동정파악과 학회의 홍보를 위하여 연 12회 ≪신경정신의학회보≫를 발행하고 있다.
한편, 신경정신의학의 국제교류를 위하여 1964년 세계정신의학협회(WPA)에 가입하여 정신의학 발전을 위하여 공동보조를 취하고 있으며, 미국의 정신의학협회(APA)와도 긴밀한 유대관계를 맺고 있다.
학회의 정회원은 인턴과정을 마친 의사로 신경정신의학분야에서 수련중이거나, 또는 수련을 마치고 계속 같은 분야에서 종사하는 자로서, 전문의의 자격유무에 따라 전문의 정회원과 일반 정회원으로 구분되며, 준회원은 신경정신의학분야에서 종사하고 있지 않은 의사와 신경정신의학과 관련된 인접분야에 종사하는 자이며, 명예회원은 학회발전에 공적이 현저한 내외인사로 하되 이사회의 인준을 거쳐야 한다. 1998년 현재 회원 총수는 정회원 1,186명, 준회원 524명이다.