1947년 5월 외과의(外科醫)의 교육 및 인격도야, 그리고 친목도모와 외과학의 진보향상에 기여할 목적으로 경성대학 의학부 부속병원에서 창립총회를 열고 설립되었다.
설립 당시에는 조선외과학회라고 하였으나 1948년 8월 서울대학교 의과대학에서 총회를 열고 현재의 명칭으로 바꾸었다.
정기적으로 매년 12회의 ≪대한외과학회지≫를 발간하고, 춘계와 추계 학술대회를 개최하고 있으며, 외과학 교과서도 우리 나라 실정에 맞게 2회나 발간하였고, 회원 각자의 우수한 연구논문을 국내 및 국외의 학술잡지에 게재하고 있다.
또한, 국내 각 종합병원의 수련의에 대한 감독 및 교육을 실시하고 병원표준화 심사를 행하여 최대한으로 이상적인 의료제도 확립에 이바지하고자 함으로써 일반국민들의 보건향상 및 양질의 외과의료 제공에 많은 도움을 주고 있다.
특히, 1959년부터 외과전문의 시험제도를 시행하여 외과의들의 지식 향상에 크게 기여하였다. 그뿐만 아니라 세계적인 외과학술대회에 적극 참여하여 외과학 수준을 소개하는 한편, 국제적인 지식의 교환을 이룸으로써 외과학의 발전을 도모하였다.
1996년 9월에는 국제 소화기외과학회를 서울에서 개최하기도 하였다. 이 학회의 정회원 자격은 외과전문의 면허를 소지한 자이며, 평생회원 및 이 학회에 공로가 지대한 자로 이사회에서 추대된 명예회원이 있고, 일반외과전공의는 준회원의 자격을 지닌다.
임원으로는 자문위원·회장·부회장·이사장·총무·감사가 있고, 기획정보·재무·의료심사·학술·편집·수련·의료보험·섭외홍보·고시·국제·전산·윤리·개원 위원회 등이 있다. 사무실은 서울특별시 동대문구 회기동 경희대학교 부속병원 내에 있다.