1908년 11월 15일 한국의사연구회(韓國醫師硏究會)의 명칭으로 창립되었는데, 일제강점으로 1910년 강제로 해산되었다.
그 뒤 1930년 2월 조선의사협회로 재발족하여 항일구국결사체로 존속하여오다가, 1945년 8월 광복과 더불어 개업의사들이 주축이 되어 설립한 건국의사회(建國醫師會)와, 의과대학교수들이 중심이 되어 발족한 조선의학협회(朝鮮醫學協會)로 양립되었는데, 1947년 5월 양협회가 통합하여 전국적인 조선의학협회로 발전되었다.
1948년 정부수립과 함께 대한의학협회로 명칭을 바꾸었으며, 1951년 「국민의료법」의 제정 후 법정단체로 공인받았으며, 개정된 「의료법」에 따라 의사단체중앙회로서의 기능을 발휘해오고 있다.
대의원총회와 이사회, 상임이사회가 있으며, 회장 아래에 의학회(143개 전문학회), 협의회(개원의협의회·공직의협의회·전공의협의회·병원의사협의회), 의료정책연구소가 있다. 전국에 16개 시도 지부가 있다.
그동안 추진해온 사업으로는 143개 학회 및 군진지부 육성지원, 의사전문의자격고시 시행, 3년마다 종합학술대회 개최 등 학술진흥과 주 2회 발행의 『의협신보(醫協新報)』 및 월간지 『대한의학협회지』 발간, 세계의학협회와 아시아·대양주의학협회연맹과의 유대 증진, 재미한인의사회와의 합동학술대회 개최, 한·일의학학술심포지움 개최, 각 분과학회 국제회의 국내개최 지원, 대국민 봉사활동의 일환으로 간염 예방대책과 식중독 예방대책 등을 실시하였다.