1947년 8월 30일 경성여자의학전문학교 강당에서 창립총회와 제1차 학술대회를 개최한 조선이비인후과학회가 모태이며, 초대 회장으로는 박계양이 선출되었다.
우리 나라 이비인후과학 진료에 관하여는 미국 선교사 알렌(Allen, H. N.)의 ≪서울지역 건강에 대한 보고서≫(1886)에 서울의 이비인후과학 질환에 대한 통계와 코 수술에 대한 자료가 기술되어 있다. 당시 제중원 선교사의 보고서에도 대한이비인후과학회 질환의 통계자료가 제중원 진료기록부에 소개되어 있다.
제중원의 상병분류에는 인두염·편도선염·고실염(tympanitis)·실성증(aphonia)·난청·이염·이루·고막천공·귀지·이명·구개종양·비강폴립 등의 순으로 기록되어 있고, 수술은 비강폴립 제거술의 자료가 등재되어 있다.
한국인에 의한 대한이비인후과학회의 진료의 시발은 1907년 대한의원 교육부 1회 졸업생이자 초대 조선의사회 회장이었던 박계양이 대한의원에서, 그리고 1908년 제중원의학교 1회 졸업생인 홍석후가 세브란스병원에서 진료를 시작한 기록이 있다.
의사들의 단체활동으로는 1931년 경성제국대학 부속병원에서 일본대한이비인후과학회학회 조선지방회의 창립식을 개최하고 제1회 모임을 한 것이 시작이었으며, 1940년에는 일본대한이비인후과학회학회 경성지부로서 연 1회 정도의 학회가 개최되었고, 우리 나라 의사들도 참여하였다.
1975년 이사장제도로 조직을 개편하였으며, 학회를 효과적으로 운영하기 위하여 총무·고시·수련·간행·학술·재무·보험·의무·섭외·기획·개원 등 11개 분야로 업무를 분장하고 있다.
1962년 4월 아시아 이비인후과학회의 창립으로 현재 이사국이며, 1963년 3월 국제이비인후과학회의 협의회에 가입하여 이사국으로서 국제학술연구활동에 적극적으로 참여하고 있다.
학회의 주요활동은 학술대회·학술집담회 및 강연회를 주관하며 전문의의 수련과정, 시험 및 심사에 관한 업무를 맡고 있다. 1958년에 창간된 ≪대한이비인후과학회지≫가 1999년 현재 42권이 발간되었으며, ≪신이비인후과학 新耳鼻咽喉科學≫ 교과서를 발간하여 학문연구에 크게 기여하고 있다.