일제 하에서 전국에 걸쳐 미곡창고망을 가졌던 조선미곡창고주식회사(약칭 米倉, 1930년 설립)가 광복 후 정부관리기업체로 되고, 1962년 국내 최대의 종합육운업체이며 역시 정부관리기업체이던 한국운수주식회사와 합병, 1963년 상호를 대한통운으로 변경한 국내 최대의 종합운수업체이다. 1968년 7월 동아건설주식회사계열로 불하되어 민영화되었다. 1974년 9월 미국상사 현지법인을 설립하였으며, 1980년 5월 상호운수㈜를 흡수, 합병하였다.
1983년 11월 1차 리비아 대수로 공사에 참여하였고, 1987년 12월 군산항 곡물 저장(3만 톤)을 준공하였다. 1988년 12월 인천항 곡물 저장(10만 톤)을 준공하였으며, 1990년 6월 ㈜동부산 콘테이너 터미널(PECT)에 참여하였다. 1992년 1월 유럽지사 현지법인을 설립하였고, 2차 리비아 대수로공사에 참여하였으며, 4월 ㈜경인, 양신 ICD 사업에 참여하였다. 1993년 2월 울산항 석탄·기계 하역설비를 준공하였고, 4월 소화물 일괄 수송업(대한통운 특성)을 개시하였다.
1994년 3월 콘테이너 부두 시설 민자 참여를 하고, 7월 대전 공영복합터미널 사업에 참여하였다. 1995년 8월 KOREX·부산호(D/W 4,300만 톤)가 신규취항하였고, 9월 베트남 합작투자법인을 설립하였다. 1995년 10월 ISO9002 국제 품질 인증을 취득하였으며, 11월 수원물류창고를 준공하였다. 1996년 3월 UPS·KEC(국제특송) 합작법인을 설립하였고, 6월 부산냉장창고를 준공하였으며, 9월 프랑스 칼버슨사와 유럽운송합작회사(KOREA EXPRESS CALBERSON LTD.)를 설립하였다.
2000년 11월 동아그룹 계열사인 동아건설산업㈜에 대한 과도한 지급보증으로 법정관리 대상기업으로 지정되었으며, 2001년 6월 회사정리계획 인가를 받았다. 2002년 12월 산업자원부로부터 택배 부문의 “서비스 품질 우수기업” 인증을 획득하였으며, 2003년 3월 한국마케팅연구원이 주관한 "2003 한국마케팅 대상"에서 유통 부문 대상을 수상하였다. 이후 2008년 3월 금호아시아나그룹의 계열회사로 편입되었다. 같은 해 9월에 대한통운 국제물류㈜를 흡수, 합병하였으며, 10월에는 중국 내륙운송사업에 진출하였다. 2011년 12월 CJ그룹의 계열사로 편입되었으며, 2012년 CJ대한통운㈜으로 상호를 변경하였다. 2020년 2월 CJ 대한통운의 미국법인 씨제이 로지스틱스 유에스에이(CJ Logistics USA)와 2018년 인수합병을 통해 인수한 미국 물류 기업 디에스씨 로지스틱스(DSC Logistics)를 합병, 통합법인 씨제이 로지스틱스 아메리카(CJ Logistics America)를 출범시켰다.
주요 사업은 철도·자동차·운수업·하역운송·보관업·해상운송업·선박해송업·포장·통관정비업 등이다. 주요 제품과 구성비율은 CL사업(하역, 운송, 보관) 44%, 포워딩사업(하역, 운송, 보관) 28%, 택배사업(집하, 배송) 27% 등이다.
관계회사로는 대한통운협진㈜·대한통운국제운송㈜·㈜동아항공·동아종합개발㈜·㈜동아텔레비젼·대한통운미국상사·대한통운유럽상사·㈜대경강관 등이 있었다.
2015년 현재 총자산은 3조 7359억 원, 자본금은 1140억 원, 연간 매출액은 4조 3584억 원이다. 본사는 서울특별시 종로구 청진동에 있다.