육안해부학·조직학·발생학 등 해부학분야의 연구를 통하여 기초의학 발전에 기여하기 위하여 정일천(鄭壹千)·나세진(羅世振) 등이 중심이 되어 1947년 10월 서울에서 설립되었다.
설립 당시 조선해부학회라고 하였으나 1949년 10월 현재의 명칭으로 바꾸어, 연구발표회와 학술지의 발간 등의 활동을 하고 있다.
1948년 10월 제1회학술대회를 개최한 이래 매년 1회씩 개최하였는데, 현재는 전국의과대학의 소재지를 고려하여 순번제로 그 주최교를 선정함으로써 회원상호간의 친목과 연구정보 교환을 기하고 있다.
학술지 ≪대한해부학회지≫를 1968년 12월에 창간하여 매년 1회씩 발간하였고, 1975년부터는 연 2회로 늘려 간행하고 있다. 한편, 1975년 10월 국제해부학회(International Federation of Association of Anatomists, IFAA)에 가입하여 정식 회원국이 되어, 국제학술대회에 참가하는 등 국제간 학술교류에도 주력하고 있다.
정회원 자격은 해부학교육 및 연구에 종사하고 있는 자이며, 명예회원은 학회 발전에 공이 큰 자로서 평의원회의 의결을 거친 자이다. 회원의 총수는 1998년 현재 279명이다. 사무실은 서울특별시 서초구 반포동가톨릭대학교 의과대학 안에 있다.