1958년 6월 16일에 창립되어 1960년 5월 16일 대한의학협회에 정식으로 분과학회로 가입하였다. 학회의 구성은 회장 1명, 부회장 1명, 이사장 1명, 감사 2명, 10여명의 이사진, 다수의 평의원과 일반회원으로 되어 있다.
1962년 제3차학술대회 이후 1978년부터는 매년 봄·가을 연 2회의 학술대회를 개최하고 있는데, 특히 춘계학술대회는 일반연제 발표와 특강을, 추계학술대회에서는 숙제보고·발표와 심포지엄을 가진다. 수혈학회를 비롯한 혈액학회와 유관한 여러 학회가 창립된 이래 1998년 봄부터는 2, 3년 간격으로 관련학회들이 공동으로 학술대회를 개최하고 있다.
또한, 혈액학의 지역발전을 위하여 매년 1회 학술대회를 지방에서 주최하며, 1985년 12월 영남지역 혈액학회지부가 창설되었다. 1958년 국제혈액학회, 1976년 국제혈액학회 표준위원회 회원으로 가입하고, 학술연구 및 기술·정보교환을 하고 있다.
1979년 6월 25일부터 30일까지 서울에서 19개국이 참가한 제4차 아시아·태평양지역 국제혈액학회학술대회를 가졌고, 전세계의 혈액학자들이 참여하는 국제혈액학회(2002년 개최)를 유치하여 준비중이다.
1985, 1987년에 시도했던 일본과의 합동학술대회가 1995년 한일혈액학 심포지엄으로 시작하여 매년 번갈아 개최된다. 1966년 학회지가 창간된 이래 1998년 현재 33권 3호(통권 50권)까지 발행되었으며, 1999년부터 연 4회로 증간된다. 1998년 현재 회원수는 670여 명이다.